Solo el Libro Genealógico español está autorizado para emitir a nivel internacional la documentación oficial de los ejemplares de Pura Raza Española. El Libro Genealógico del PRE es el registro público, propiedad del Ministerio de Medio Ambiente y Medio Rural y Marino, donde se recogen los datos genealógicos de los ejemplares de Pura Raza Española, así como de sus ascendientes y descendientes.
La Asociación Nacional de Criadores de Caballos de Pura Raza Española (ANCCE) asumió la gestión del LG del PRE en 2007, al amparo del Real Decreto 662/2007 por el que se posibilita que las asociaciones de criadores de razas puras de équidos puedan llevar o gestionar Libros Genealógicos, y tras la resolución de la Dirección General de Ganadería de 11 de diciembre de 2007, por la que se reconoce oficialmente a la Asociación Nacional de Criadores de Caballos de Pura Raza Española (ANCCE) para la llevanza del Libro Genealógico. Esta cambio provocó una demanda legal de la empresa que gestionaba dicha información con métodos informáticos, que terminaron en una compensación a dicha empresa, ya disuelta
El LG cuenta con dos registros diferenciados:
Registro de Nacimientos: donde se registran las crías nacidas de caballo y yegua, previamente inscritas en el Registro Definitivo o de Reproductores, que cumplan los requisitos y procedimientos establecidos.
Registro Definitivo o de Reproductores: donde se inscriben los ejemplares que, figurando previamente en el Registro de Nacimientos, superen la valoración de aptitud para la reproducción regulada en cada momento por la legislación vigente.
El órgano que controla la actividad del LG es el Comité de Gestión del Libro Genealógico, que se encarga de velar por el estricto cumplimiento de los procedimientos registrales. Asimismo existe un Director Técnico, nombrado por la Asociación a propuesta del Comité de Gestión, que garantiza el correcto funcionamiento del Libro.